免疫抑制や同種移植片の早期生着率の改善に伴い，慢性移植腎症が腎移植片不全の最大の原因となった．

1 型糖尿病のレシピエント計 120 例を対象にした前向き研究において，慢性移植腎症の自然経過を評価した．レシピエントは 1 例を除き，全員が膵腎移植を受けていた．移植後 10 年にわたって定期的に移植腎の生検を行い，961 標本を採取した．

慢性移植腎症の進行に伴い，明瞭に区別できる損傷の段階が 2 つ明らかになった．虚血性障害による初期の尿細管間質損傷（P＜0.05），重度拒絶反応歴（P＜0.01），無症状の拒絶反応（P＜0.01）といった初期段階は，1 年以内の軽度疾患を予測し，実際に患者の 94.2%が発症した．初期の無症状の拒絶反応は頻度が高く（3 ヵ月後の生検標本の 45.7%に及ぶ），そのリスクは重度拒絶反応歴があると増大し（P＜0.05），タクロリムスやミコフェノール酸による治療で減少し（P＜0.05），1 年後には徐々に減少した．無症状の拒絶反応と慢性拒絶反応は，尿細管間質損傷の増加に関連していた（P＜0.01）．1 年目以後の，慢性移植腎症の後期には，微小血管や糸球体の損傷が特徴的であった．慢性拒絶反応（2 年以上持続する無症状の拒絶反応と定義）の頻度は低かった（5.8%）．管腔狭窄を伴う進行性の高度細動脈性ヒアリン症，糸球体硬化症の進行および尿細管間質損傷の増加が，カルシニューリン阻害薬の使用に伴って生じた．後期の進行する損傷に関連した腎毒性は 10 年目でもほぼ全例で認められ，初期の組織学的所見が良好な移植片においてさえ確認された．10 年間で，重症の慢性移植腎症は患者の 58.4%に発現し，糸球体の 37.3%が硬化を起していた．尿細管間質と糸球体の損傷は一度起ると不可逆的で，腎機能の低下と移植片廃絶をもたらした．

慢性移植腎症は，時間依存的な免疫学的・非免疫学的な原因がもたらす，ネフロンへの損傷の蓄積と付加を示している．