吃音は発話時の連発，伸発，難発を特徴とする原因不明の疾患である．吃音は遺伝的因子との関連が示唆されており，先行研究では第 12 染色体上のマーカーとの連鎖が同定されている．

吃音者が複数存在するパキスタン人の血縁家族と，パキスタン人と北米人の血縁関係のない吃音者の症例と非吃音者の対照において，染色体領域 12q23.3 のゲノム解析を行った．

パキスタン人の大きな 1 血縁家族において，GlcNAc-リン酸転移酵素（GNPT [EC 2.7.8.15]）の触媒サブユニットである α サブユニット，β サブユニットをコードする N-アセチルグルコサミン-1-リン酸転移酵素遺伝子（GNPTAB）で，吃音と関連するミスセンス変異を同定した．この変異は解析したパキスタン人の血縁家族の約 10%にあたる吃音症例に認められたが，血縁関係のないパキスタン人対照 192 例の染色体で認められたのは 1 個のみで，血縁関係のない北米人対照 552 例の染色体では認められなかった．GNPTAB ではこの変異とほか 3 個の変異が血縁関係のない吃音症例で認められたが，対照では認められなかった．また，アジア人・欧州人を祖先にもつ吃音症例において，GNPT の γ サブユニットをコードする GNPTG 遺伝子に 3 個の変異を同定したが，対照では同定されなかった．さらに，その他の吃音症例において，uncovering enzyme と呼ばれる酵素をコードする NAGPA 遺伝子に 3 個の変異を同定したが，対照では同定されなかった．これらの遺伝子がコードする酵素は，シグナルとして作用するマンノース-6-リン酸を生じさせ，このシグナルをもったさまざまな加水分解酵素はリソソームに輸送される．このシステムにおける障害は，主に骨・結合組織・神経症状と関連する，まれなリソソーム蓄積症のムコリピドーシスと関連している．

吃音に対する感受性は，リソソーム代謝を制御する遺伝子群の変異と関連している．