供血者を対象とした，ヒト免疫不全ウイルス 1 型（HIV-1）RNA と C 型肝炎ウイルス（HCV）RNA の核酸増幅法による検査は，セロコンバージョン前のウィンドウ・ピリオドに供血された血液を同定することを目的として，1999 年半ば，米国で試験的スクリーニング検査として導入された．

核酸スクリーニングが行われた最初の 3 年間に，米国の主な血液収集プログラムで集められた「ミニプール」（16～24 人の供血をプールしたもの）に核酸増幅検査を行い，HIV-1 RNA または HCV RNA の陽性が確認された，抗体陰性の全供血について解析を行った．

スクリーニングを行った 37,164,054 単位のうち 12 単位――供血 310 万例当り 1 例――で HIV-1 RNA 陽性が確認され，そのうち HIV-1 p24 抗原検査で検出されたのは 2 単位のみであった．HCV に関しては，スクリーニングを行った 39,721,404 単位のうち 170 単位，すなわち供血 23 万例当り 1 例で HCV RNA 陽性が確認された（より感度の高い HCV 抗体検査で HCV RNA 陽性が確認された 139 例に基づくと，27 万例当り 1 例）．核酸増幅検査での陽性率は，初回供血者では，繰り返し供血を行っている供血者に比べ HCV で 3.3 倍，HIV-1 で 4.1 倍高かった．HCV RNA 陽性の供血者 67 例の追跡調査から，発端となった供血から中央値で 35 日後にセロコンバージョンが起り，その後ウイルス血症が消失する割合は低いことが示された．長期間にわたり免疫学的に無症候性の HCV 感染が，3 例報告された．

ミニプールの核酸増幅検査によって，年間で，HIV-1 感染の伝播を約 5 件，HCV 感染の伝播を約 56 件防ぐことができた．また，輸血によって伝播する HIV-1 と HCV の残存リスクは，血液 200 万単位当り約 1 単位に減少した．