発癌性があるヒトパピローマウイルス（HPV），とりわけ HPV 16 型（HPV-16）は，肛門生殖器の上皮癌の原因であり，また，頭頸部の上皮癌の原因ではないかと疑われている．

頭頸部癌と HPV の関係を調べるために，北欧諸国のコホートを対象としたコホート内症例対照研究を実施し，約 900,000 例の被験者から血清検体を採取した．そして，組入れ後平均で 9.4 年の時点で頭頸部扁平上皮癌が発生した 292 例と，これらにマッチさせた対照 1,568 例の，組入れ時に採取した検体を用いて，HPV-16，HPV-18，HPV-33，HPV-73 に対する抗体と，喫煙習慣の指標としてコチニンの濃度とを分析した．ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）法による HPV の DNA 分析を，この研究の癌患者の 160 例から採取した腫瘍組織で行った．

HPV-16 血清陽性の被験者における頭頸部扁平上皮癌のオッズ比は，コチニン濃度で補正した場合に 2.2（95%信頼区間，1.4～3.4）であった．他の HPV 型ではリスクの上昇は観察されなかった．PCR 法による分析では，口腔咽頭癌の 50%と舌癌の 14%において HPV-16 の DNA が検出された．

HPV-16 への感染は，頭頸部扁平上皮癌の危険因子であるかもしれない．